Investigasi ICIJ yang melibatkan Majalah Tempo menemukan bahwa aliran transaksi dalam FinCEN Files juga bersinggungan dengan Indonesia. Salah satu kasus yang dicatat berkaitan dengan pembelian jet tempur Sukhoi oleh pemerintah Indonesia pada periode 2011–2013.
Perusahaan milik pemerintah Rusia, Rosoboronexport, yang menjadi pemasok Sukhoi, tercatat mentransfer dana sekitar US$52.000 kepada pengusaha Indonesia Sujito Ng. Dana tersebut sempat melalui JSCB International Financial Club (Rusia) dan JP Morgan Chase Bank (Amerika Serikat) sebelum masuk ke rekening penerima. Dua transaksi lanjutan pada 2011 dan 2012 bahkan dibatalkan oleh JP Morgan dengan alasan kebijakan manajemen risiko.
Selain itu, dokumen FinCEN mencatat transaksi penerimaan dana oleh pengusaha batu bara Andi Syamsuddin Arsyad (Haji Isam) senilai US$47,9 juta pada 2014, yang berasal dari perusahaan terdaftar di British Virgin Islands, wilayah yang dikenal sebagai suaka pajak.
Kasus lain mencakup transaksi senilai US$124,155 juta antara perusahaan emas di Pontianak, Kalimantan Barat, dan perusahaan logam mulia Metalor di Swiss pada 2015. Sebelumnya, Mahkamah Agung Republik Indonesia menjatuhkan denda Rp500 juta kepada perusahaan asal Pontianak tersebut karena terbukti memalsukan dokumen impor emas.
